cakePHPをやってる人なら少なからずやってると思いますが、僕はやってません。 今考えて仕組みをつくりたいと思います。
今つくっているBakeを使いたいので、BakeのプロジェクトをGithubのリポジトリに入れておいて、それをクローンしてデータベースをつくって、Bakeします。すると作成したいサイトの大方(まだ少し)が出来上がるので、それを別のブランチとしてpushします。で納品時にBakeプラグインなどを簡単に削除できるコマンドを用意しておき、それを実行します。
というのでどうでしょうか? まあシークレット文字列とかは手動変更が必要だなこれじゃあ。まあ今はいいか。