参考：CakePHP webroot以外を非公開ディレクトリに移動する
webrootの中身をパブリックなディレクトリに入れます。 それ以外を非公開ディレクトリに入れます。
今回さくらだったので、wwwをパブリックにして、その上にhogeとつくってこれを非公開としました。www内（元webrootディレクトリ内）のindex.php内の各パス設定を変更します。
define( 'ROOT', dirname( dirname( __FILE__ ) ) . DS . 'hoge');
define( 'APP_DIR', 'app' );
define('CAKE_CORE_INCLUDE_PATH', ROOT . DS . 'lib');
これでできました。
