cakephp - MigrationsプラグインでMigrationファイルの途中のファイルのみnot appliedといわれる

しっかりMigrationsプラグインを使ってなかったプロジェクトで、途中からしっかり使おうと思って、ローカルでmigrions.migration generate -fをして、gitにコミットして、ステージングサーバでpullして、migrations.migration run allとしたら、エラーになった。createしたいテーブルはすでにありますといわれました。

migrations.migration runとやると、今までのmigrationファイルが表示されて、appliedかnot appliedと記載されます。すでにrunしているファイルだったらappliedになります。私の場合、途中のmigrationファイルのみnot appliedになっているという残念な状態でした。